Le Collège fut fondé par la communauté religieuse de la Compagnie de Jésus (les Jésuites). Le nom du collège fut donné en mémoire du Jésuite Jean de Brébeuf, un missionnaire 1593-1649 premier martyr du Canada.
Petite Histoire du Collège Jean-de-Brébeuf
C’est en 1909 que le collège Sainte-Marie achète la ferme Leslie dans le village de Côte-des-Neiges dans le but d’y construire éventuellement un internat et un philosophat. Il fallut attendre 1923 pour que le collège entreprenne le financement du futur établissement.
La première entrée scolaire au collège eu lieu en septembre 1928 et dès l’année suivante le collège put décerner le baccalauréat ès arts.
dans les décennies qui suivirent, l’établissement pris de l’expansion avec entre autre la construction d’un gymnase ainsi que d’un nouveau pavillon (le pavillon Lalement) en 1958.
À l’origine le collège jean-de Brébeuf était un établissement scolaire réservés aux garçons et jeunes hommes. C’est en 1968 que la mixité fut introduite.
L’éducation au Québec se voit complètement remodeler dans les années 60 et 70 et Brébeuf n’y échappe pas : En 1972 est interrompu l’enseignement du cours classique pour se recentrer sur le programme du ministère de l’éducation qui débouche sur l’obtention d’un DEC.
Resté sous l’emprise des Jésuites tout ce temps, le collège est autonome à partir de 1986, date à laquelle la Compagnie de Jésus cède le collège à une nouvelle entité indépendante. Le dernier directeur Jésuite resta toutefois en place jusqu’en 1991.