Ce collège fut fondé par la communauté religieuse de la Compagnie de Jésus (les Jésuites). Le nom fut donné en mémoire du Jésuite Jean de Brébeuf, un missionnaire (1593-1649) qui fut le premier martyr du Canada.
Petite Histoire du Collège Jean-de-Brébeuf
C’est en 1909 que le Collège Sainte-Marie achète la ferme Leslie dans le village de Côte-des-Neiges dans le but d’y construire éventuellement un internat et un philosophat. Il fallut attendre 1923 pour que le collège entreprenne le financement du futur établissement.
La première entrée scolaire au collège eut lieu en septembre 1928 et dès l’année suivante, le collège put décerner le baccalauréat ès arts.
Dans les décennies qui suivirent, l’établissement prit de l’expansion avec entre autres la construction d’un gymnase ainsi que d’un nouveau pavillon (le pavillon Lalement) en 1958.
À l'origine, le Collège Jean-de Brébeuf était un établissement scolaire réservé aux garçons et jeunes hommes. C’est en 1968 que la mixité fut introduite.
L’éducation au Québec se voit complètement remodelée dans les années 60 et 70 et Brébeuf n’y échappe pas : en 1972 est interrompu l’enseignement du cours classique pour se recentrer sur le programme du ministère de l’Éducation qui débouche sur l’obtention d’un DEC.
Resté sous l’emprise des Jésuites tout ce temps, le collège est autonome à partir de 1986, date à laquelle la Compagnie de Jésus cède le collège à une nouvelle entité indépendante. Le dernier directeur Jésuite resta toutefois en place jusqu’en 1991.
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